非IC卡類憑證與專屬類伺服應用軟體憑證之產製金鑰及憑證請求檔(Certificate Signing Request,CSR)的工具需要配合應用系統所使用的環境為何來選擇,所以憑證管理中心無法提供通用工具,而用戶在申請憑證時應自行使用適合之工具程式來產製金鑰及CSR,若用戶無法確定應該使用什麼工具程式,應向應用系統開發廠商詢問清楚,以免使用了錯誤之工具產製金鑰及CSR,等憑證核發下來後,才發現產製的金鑰格式無法相容於應用系統。